蛋白质结构

AI从头设计蛋白质「开关」，蛋白质设计的惊人突破，David Baker研究登Nature

编辑 | KX在生活中，打开一盏灯，或者调节灯光很简单。但实现类似生物分子功能控制的系统却很复杂，而且人们对此了解甚少。在生物学中，蛋白质功能以复杂的方式开启和关闭，变构调节是其中一种重要的生物学调节机制，对于健康的新陈代谢和细胞信号传导至关重要，但在合成蛋白质系统中，创建变构现象一直存在重大挑战。近日，华盛顿大学 David Baker 团队，设计出了能够通过变构控制，可靠而准确地在组装和拆卸之间转换的蛋白质。研究人员利用 AI 设计自然界中不存在的新蛋白质，设计了多种动态蛋白质排列。David Baker 说：

8/20/2024 11:56:00 AM

ScienceAI

4000万蛋白结构训练，西湖大学开发基于结构词表的蛋白质通用大模型，已开源

编辑 | ScienceAI蛋白质结构相比于序列往往被认为更加具有信息量，因为其直接决定了蛋白质的功能。而随着AlphaFold2带来的巨大突破，大量的预测结构被发布出来供人研究使用。如何利用这些蛋白质结构来训练强大且通用的表征模型是一个值得研究的方向。西湖大学的研究人员利用Foldseek来处理蛋白质结构，将其编码成一维的离散token，并与传统的氨基酸进行结合，形成了结构感知词表（Structure-aware Vocabulary），以此将结构信息嵌入到模型输入中，增强模型的表征能力。在预训练上，论文使用了目

4/19/2024 3:38:00 PM

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