深度学习
可发现药物靶点，哈佛等机构开发了一种对蛋白建模的深度学习方法
编辑 | 萝卜皮翻译延伸对于维持细胞蛋白质稳态至关重要，并且翻译景观的改变与一系列疾病相关。核糖体分析可以在基因组规模上详细测量翻译。然而，目前尚不清楚如何从这些数据中的技术产物中分离出生物变异，并识别翻译失调的序列决定因素。在最新的研究中，中国科学院、哈佛大学（Harvard University）、斯坦福大学（Stanford University）、约翰霍普金斯大学（Johns Hopkins University）的研究团队开发了 Riboformer，一个基于深度学习的框架，用于对翻译动态中上下文相关的变
3/18/2024 2:47:00 PM
ScienceAI
ICLR 2024 Spotlight｜厦门大学、Intel、大疆联合出品，从网络视频中学习零样本图像匹配大模型
图像匹配是计算机视觉的一项基础任务，其目标在于估计两张图像之间的像素对应关系。图像匹配是众多视觉应用如三维重建、视觉定位和神经渲染 (neural rendering) 等的基础和前置步骤，其精确度和效率对于后续处理十分重要。传统算法（SIFT）在面临长基线或极端天气等复杂场景时，其匹配的准确度和密度往往有限。为了解决这些问题，近年来，基于深度学习的匹配模型逐渐流行。然而，由于缺乏大规模且多样化的具有真值标签的训练数据，目前的匹配模型通常是在 ScanNet 和 MegaDepth 上分别训练室内和室外两个模型。这
2/29/2024 2:56:00 PM
机器之心
超越AF2？Iambic、英伟达、加州理工学院开发多尺度深度生成模型，进行状态特异性蛋白质-配体复合物结构预测
编辑 | 萝卜皮由蛋白质和小分子配体形成的结合复合物无处不在，对生命至关重要。虽然最近科学家在蛋白质结构预测方面取得了进展，但现有算法无法系统地预测结合配体结构及其对蛋白质折叠的调节作用。为了解决这种差异，AI 制药公司 Iambic Therapeutics、英伟达（Nvidia Corporation）以及加州理工学院（California Institute of Technology）的研究人员提出了 NeuralPLexer，这是一种计算方法，可以仅使用蛋白质序列和配体分子图输入直接预测蛋白质-配体复合物
2/20/2024 11:51:00 AM
ScienceAI
GPDRP：基于图 Transformer 和基因通路的药物反应预测多模态框架
编辑 | X在计算个性化医学领域，药物反应预测（DRP）是一个关键问题。但是，现有的研究通常将药物描述为字符串，这种表示与分子的自然描述不符。此外，忽略了基因通路（pathway）特异性组合含义。近日，来自河南科技大学的研究人员提出了基于药物图和基因通路的药物反应预测方法（GPDRP），这是一种新的多模态深度学习模型，用于预测基于药物分子图和基因途径活性的药物反应。在 GPDRP 中，药物由分子图表示，而细胞系则以基因途径活性评分描述。该模型使用具有图 Transformer 和深度神经网络的图神经网络(GNN)分
2/19/2024 1:55:00 PM
ScienceAI
ICLR 2024接收率31％，清华LCM论文作者：讲个笑话，被拒了
你被拒了吗？ICLR 2024 国际学习表征会议已经来到了第十二届，将于今年 5 月 7 日 - 11 日在奥地利维也纳会展中心举行。在机器学习社区中，ICLR 是较为「年轻」的学术顶会，它由深度学习巨头、图灵奖获得者 Yoshua Bengio 和 Yann LeCun 牵头举办，2013 年才举办了第一届。不过 ICLR 很快获得学术研究者们的广泛认可，被认为是深度学习顶会。在 Google Scholar 的学术会议 / 杂志排名中，ICLR 目前排名第十位，要高于 NeurIPS。今日，ICLR 2024
1/17/2024 2:55:00 PM
机器之心
西南交大杨燕/江永全团队：基于双任务的端到端图至序列无模板反应预测模型
排版 | X本文介绍西南交通大学杨燕/江永全团队发表于《Applied Intelligence》的研究成果，第一作者是硕士生胡昊哲。论文链接：：(Graph-to-Sequence)模型框架为基础，进一步在同参数量规模下尝试构建一类在单个模型中同时解决逆合成预测与正向反应预测任务的模型 BiG2S(Bidirectional Graph-to-Sequence)。同时，作者初步分析了模型在主流逆合成数据集 USPTO-50k 上训练时不同 SMILES 片段的预测难度差异以及模型在训练期间对验证集数据 Top-k
12/20/2023 2:49:00 PM
ScienceAI
上海交大团队利用深度学习进行运动评估，促进脑瘫早期筛查
编辑 | 白菜叶Prechtl 全身运动评估 (GMA) 因其在评估神经系统发育完整性和预测运动功能障碍方面的作用而日益得到认可，特别是在脑瘫 (CP) 等疾病中。然而，对训练有素的专业人员的需求，阻碍了一些国家采用 GMA 作为早期筛查工具。在最新的研究中，上海交通大学的研究人员提出了一种基于深度学习的运动评估模型（MAM），该模型结合了婴儿视频和基本特征，旨在在烦躁运动（FM）阶段实现 GMA 自动化。MAM 表现出强大的性能，在外部验证期间实现了 0.967 的曲线下面积 (AUC)。重要的是，它严格遵循 G
12/15/2023 3:59:00 PM
ScienceAI
分类性能提高 10%，港中大利用大型蛋白质语言模型发现未知信号肽
编辑 | 萝卜皮信号肽 (SP) 对于跨膜和分泌蛋白靶向并将其转移到正确位置至关重要。许多现有的预测 SP 的计算工具忽视了极端的数据不平衡问题，而依赖于蛋白质的额外组信息。香港中文大学的研究人员开发了无偏生物体不可知信号肽网络（Unbiased Organism-agnostic Signal Peptide Network，USPNet），一种 SP 分类和切割位点预测深度学习方法。大量的实验结果表明，USPNet 的分类性能比之前的方法大幅提高了 10%。USPNet 的 SP 发现流程旨在从宏基因组数据中探
12/15/2023 3:57:00 PM
ScienceAI
浙大开发DeepSorption：晶态多孔材料吸附性能深度学习框架
编辑 | 紫萝空间转录组学 (ST) 技术可检测单个细胞中的 mRNA 表达，同时保留其二维 (2D) 空间坐标，使研究人员能够研究转录组在组织中的空间分布；然而，对多个 ST 切片进行联合分析并将它们对齐以构建组织的三维 (3D) 堆栈仍然是一个挑战。近日，来自中国科学技术大学、合肥综合性国家科学中心和北京生命科学研究所（NIBS）的研究团队，提出了用于 ST 数据分析的深度学习空间架构表征 (SPACEL)。SPACEL 包含三个模块——Spoint、Splane 和 Scube——涵盖了 ST 数据的三个分析
12/7/2023 3:33:00 PM
ScienceAI
浙大开发DeepSorption：专家知识共学习的晶态多孔材料吸附性能深度学习框架
编辑 | ScienceAI近日，浙江大学杭州国际科创中心生物与分子智造研究院邢华斌教授团队和陈华钧教授团队瞄准多孔吸附剂材料的精准智造，开发出专家知识共学习的晶态多孔材料吸附性能端对端深度学习框架 DeepSorption，有效提升多孔材料吸附性能的预测精度与速度，并实现了原子尺度的可解释性。这一成果以《Direct prediction of gas adsorption via spatial atom interaction learning》为题，于 2023 年 11 月 3 日发表在《Nature C
12/7/2023 3:27:00 PM
ScienceAI
OpenAI同意从一家初创公司购买5100万美元的类脑芯片，CEO Altman是它的股东
机器之能报道编辑：大盘鸡、吴昕据连线杂志报道，OpenAI 签署过一份意向书，斥资 5100 万美元购买初创公司 Rain 开发的类脑芯片。OpenAI CEO Sam Altman 此前曾对这家初创芯片公司进行过个人投资， 拥有股份。Rain 的总部距离 OpenAI 旧金山总部不到一英里，正在开发一种名为神经形态处理单元 (NPU) 的芯片，拥有不同的芯片架构——结构和功能上高度模拟人脑计算原理。公司目前拥有约 40 名员工，其中包括人工智能算法开发和传统芯片设计方面的专家。在此之前，人们最为熟知的类脑芯片可能
12/4/2023 3:09:00 PM
机器之能
将合成生物学与AI相结合，以无细胞方式寻找新抗生素
编辑 | 萝卜皮生物活性肽是健康和医学的关键分子。深度学习为生物活性肽的发现和设计带来了巨大的希望。然而，需要合适的实验方法来以高通量和低成本验证候选物。马克斯·普朗克陆地微生物研究所（Max Planck Institute for Terrestrial Microbiology）的研究团队建立了无细胞蛋白质合成（CFPS）管线，用于直接从 DNA 模板快速、廉价地生产抗菌肽 (AMP)。为了验证该平台，研究人员使用深度学习从头设计了数千个 AMP。使用计算方法，研究人员对使用 CFPS 管线生成和筛选的 50
12/4/2023 12:01:00 PM
ScienceAI
稳健且准确，AlphaFold 结合两种 AI 方法，实现蛋白质化学位移自动分配
编辑 | 绿萝化学位移分配对于基于核磁共振 (NMR) 的蛋白质结构、动力学和相互作用研究至关重要，可提供重要的原子级见解。然而，获得化学位移分配是劳动密集型的并且需要大量的测量时间。为了解决这一限制，苏黎世联邦理工学院（ETH Zurich）的研究人员之前提出了 ARTINA——一种用于自动分配二维 (2D)–4D NMR 谱的深度学习方法。近日，研究人员提出了一种将 ARTINA 与 AlphaFold 和 UCBShift 相结合的综合方法，能够减少实验数据、提高准确性并增强大型系统的稳健性，从而实现化学位移
11/30/2023 10:11:00 AM
ScienceAI
可在数据限制下训练高维因果结构，德国DZNE团队提出一种深度神经架构
编辑 | 萝卜皮因果学习是科学人工智能的一个关键挑战，因为它使研究人员能够超越纯粹的相关或预测分析，学习潜在的因果关系，这对于科学理解以及广泛的下游任务非常重要。受新兴生物医学问题的启发，德国神经退行性疾病中心（German Center for Neurodegenerative Diseases，DZNE）的研究人员提出了一种深度神经架构，用于从高维数据和先验因果知识的组合中学习变量之间的因果关系。该团队将卷积神经网络和图神经网络结合在因果风险框架内，提供了一种在高维、噪声和数据限制条件下明显有效的方法，这些条
11/21/2023 2:46:00 PM
ScienceAI
通过深度学习预测离散时间分岔
编辑 | 白菜叶许多自然和人造系统都容易发生关键转变——动态方面的突然且可能具有破坏性的变化。深度学习分类器可以通过从大型模拟训练数据集中学习分叉的通用特征，为关键转变提供预警信号。到目前为止，分类器仅被训练来预测连续时间分岔，忽略了离散时间分岔所特有的丰富动态。在这里，麦吉尔大学（McGill University）Thomas M. Bury 的研究团队训练一个深度学习分类器，为余维一的五个局部离散时间分岔提供预警信号。他们使用生理学、经济学和生态学中使用的离散时间模型的模拟数据以及经历倍周期分岔的自发跳动的鸡
11/17/2023 2:19:00 PM
ScienceAI
战胜柯洁的深度学习，有可能取代设计师吗？
最近看到在「Baidu Create 2019」的百度 AI 交互设计论坛上，设计师分享了他们的最新成果：百度人工智能交互设计院与百度研究院商业智能实验室合作，基于百度自主研发、开源开放的深度学习框架飞桨（PaddlePaddle），让系统在每个模块组合形成的不同界面中找到最优解，在模型框架内给出任何一种设计，机器都能快速预测用户的偏好结果，设计师将以此为基础给出符合用户喜好与使用习惯的最佳解决方案。
设计存在的问题
现在的深度学习能用于界面设计吗？能基于深度学习给出符合用户喜好与使用习惯的最佳解决方案吗？这是 A
7/26/2019 9:39:32 PM
薛志荣
面对人工智能和深度学习，设计师到底要如何自处？
一键生成广告、插画、布局、视觉稿，这样的技术和产品在某种意义上几乎已经在我们眼前了。
建立一个真正称得上是拥有智能的系统，针对特定受众的需求来生成素材，理解人类的情感和语义中的潜台词，明白行为的概念和美的意义，这仍然还太远。
不过，建立一个专门的深度学习系统，自动化的设计流程，能够让设计师从一部分完全手动的工作中解放出来，这是完全可行的。
实际上已经有很多新兴的设计素材和设计工具在做这个事情了。
比如下面这些以深度学习为驱动力的创新的、自动化设计工具：
Colormind.ioColormind 致力于让色彩理论真
12/17/2018 9:34:28 PM
JONI JUUP
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