纳米孔检测特定卵白质,使细胞能够与计算机通话

编辑 | 萝卜皮基因编码的申报卵白一直是生物技术研讨的支柱,使科学家能够跟踪基因表示、了解细胞内过程和调试工程基因回路。但依赖荧光和其他光学方法的传统申报方案存在实际局限性,可能会给该领域的未来进展蒙上阴影。因此运用纳米孔检测特定卵白质,目前具有挑战性。为了应对这一挑战,华盛顿大学的研讨人员开发了一组超过 20 个纳米孔可寻址卵白质标签,它们被设计为申报基因(NanoporeTERs,或 NTERs)。NTER 由分泌标签、折叠结构域和纳米孔靶向 C 端尾部构成,其中可以编码任意肽条码。该团队展示了运用 MinIO

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基因编码的申报卵白一直是生物技术研讨的支柱,使科学家能够跟踪基因表示、了解细胞内过程和调试工程基因回路。但依赖荧光和其他光学方法的传统申报方案存在实际局限性,可能会给该领域的未来进展蒙上阴影。因此运用纳米孔检测特定卵白质,目前具有挑战性。

为了应对这一挑战,华盛顿大学的研讨人员开发了一组超过 20 个纳米孔可寻址卵白质标签,它们被设计为申报基因(NanoporeTERs,或 NTERs)。NTER 由分泌标签、折叠结构域和纳米孔靶向 C 端尾部构成,其中可以编码任意肽条码。该团队展示了运用 MinION 纳米孔传感器阵列同时检测在细菌或人类细胞中表示的多达 9 个 NTER。

该研讨以「Multiplexed direct detection of barcoded protein reporters on a nanopore array」为题,于 2021 年 8 月 12 日发布在《Nature Biotechnology》。

纳米孔检测特定卵白质,使细胞能够与计算机通话

近四年来,申报卵白已被用作跟踪生物活动(如遗传调控)的一种手段。尽管在此期间开发了几种不同的申报器策略,但可以一起运用同时共享公共读数的唯一可寻址申报器的典型数量很少。主要是由于传统申报基因的光学性质,例如荧光卵白变体,它们具有重叠的光谱特性,这使同时丈量独特的遗传元素变得困难。提高基因编码卵白质申报基因的多重性的能力,将能够对生物系统从事更全面和可扩展的监测,例如,实现高维表型、一锅法并行全细胞生物传感和高效的基因电路调试。

虽然很久以前就已经有研讨报道了纳米孔传感器的生物分子传感,但直到最近才出现了用于 DNA 和 RNA 实时测序的高通量纳米孔传感器平台。这些技术的普及与商业化,创造了一个机会;可以建立一个可访问的通用纳米孔平台,用于直接传感工程申报卵白。在这种情况下,研讨人员在这里介绍一类新的基因编码卵白质申报基因,称之为 NTER,它运用市售的纳米孔传感器(牛津纳米孔技术公司的 MinION 装置)从事多重直接卵白质申报基因检测,而无需任何其他专用设备也无需综合前费力的样品制备。

纳米孔检测特定卵白质,使细胞能够与计算机通话

NTERs

该团队介绍了一类可运用市售纳米孔传感器阵列 ONT MinION 从事综合的,多路复用卵白质申报基因。为了支持未来的应用,该团队还对 MinION 上 NTER 丈量的实验吞吐量从事了初步评估,并讨论了 NTER 条形码空间的可扩展性以供未来工作。

纳米孔检测特定卵白质,使细胞能够与计算机通话

运用 MinION 对 NTER 表示水平从事分类和多重检测。

因此可以预见许多潜在的 NTER 应用,包括在一锅法同时读取许多基因工程电路组件的卵白质水平输入,从而实现比当前综合方法更有效的调试和调整;例如,与传统的荧光卵白申报基因组相比,NTER 具有更大的序列和信号空间,允许在单个实验中同时综合更多的独特遗传元素(多路复用)。

虽然 RNA 测序可用于并行丈量许多电路的转录输入,但该方法具有以下优点:

(1) 几乎不需要样品制备,这使得它更适合自动化,并可以减少综合时间(延迟)和成本;

(2) 非破坏性读数,能够综合活细胞中的表示动态;

(3) 在卵白质水平直接检测输入。

最后一个为运用 NTER 条形码设计申报基因创造了新的机会,可以同时申报卵白质表示和特定的翻译后修饰。科学家预计这种能力对于合成卵白质级电路工程将有很大的应用空间。

论文链接:https://www.nature.com/articles/s41587-021-01002-6

相关报道:https://phys.org/news/2021-08-enabling-cells.html

https://www.eurekalert.org/news-releases/926366

原创文章,作者:ScienceAI,如若转载,请注明出处:https://www.iaiol.com/news/na-mi-kong-jian-ce-te-ding-luan-bai-zhi-shi-xi-bao-neng-gou/

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